illumina测序仪是利用其核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
illumina测序原理：
illumina测序采用边合成边测序技术(Sequencingbysythesis,SBS)，步骤如下：
步骤一：建库，在DNA的片段两端加上序列已知的通用接头构建文库，文库加载到测序芯片Flowcell。
步骤二：簇生成。文库两端的已知序列与Flowcell基底上的Oligo序列互补，每条文库片段都经过桥式PCR扩增形成一个簇。
步骤三：簇扩增及测序。与步骤二同时进行。即在碱基延伸过程中，每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基，根据四种不同的荧光信号确认碱基种类，保证终的核酸序列质量，经过多个循环后，完整读取核酸序列。
一些常用基本概念的介绍：
1、flowcell是指illumina测序时，测序反应发生的位置，1个flowcell含有8条lane。
2、lane每一个flowcell上都有8条泳道，用于测序反应，可以添加试剂，洗脱等等。
3、tile每一次测序荧光扫描的小单位。
4、reads指测序的结果，1条序列一般称为1条reads。
5、bpbasepair碱基对，用于衡量序列长度。
6、双端测序只一条序列可能比较长如500bp，我们可以两端每端各测150bp。
7、junction上面说的双端测序，中间会留有200bp测不到的东西，我们叫junction。
8、adapter就是测序中需要的一段特定的序列，有类似于引物的功能。
9、primerPCR中的引物。
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